Olyckan inträffade strax efter klockan 17 i en rondell där E4 möter Almungevägen. Motorcyklisten fördes till sjukhus med ambulans.
– Det är väldigt begränsat med framkomlighet i avfarten in till centrala Uppsala, säger Magnus Bengtsson på räddningstjänsten.
Räddningstjänsten beräknas vara klara med sitt arbete på platsen strax innan klockan 18.