Gärningsmännen ska ha slagit målsäganden och tagit hans mobiltelefon i korsningen mellan Vaksalagatan och Dragarbrunnsgatan.
Polisen larmades till platsen vid 02.30 och kunde gripa två män i åldrarna 25 och 27.
- Vi har även identifierat en tredje gärningsman men han är inte gripen, säger Torbjörn Karlsson, vakthavande befäl vid polisen i Uppsala.
Den drabbade mannen kördes till sjukhus för tillsyn. Det är oklart om händelsen ska rubriceras som personrån eller misshandel.