Polisen larmades om rånet vid 17-tiden på lördagseftermiddagen.
Mannen, som är i 40-årsåldern, ska ha stått vid bankomaten på Hjalmar Brantingsgatan och hade precis hunnit slå in sin kod när de två knivbeväpnade männen kom fram.
- De har smygit sig på honom och hotat med en kniv. De har sedan själva slagit in beloppet och tagit pengarna, säger Anders Kellerth, inre befäl vid polisen i Uppsala.
Gärningsmännen ska sedan sprungit från platsen med en okänd summa pengar.
Ett vittne till händelsen ska efter detta kort ha följt efter männen och observerade hur de slängde ifrån sig sitt vapen.
- Vi kunde hitta kniven i en brunn, och den har vi nu beslagtagit, säger Anders Kellerth.
Flera polispatruller samt hundpatruller har sökt av i området efter gärningsmännen. Polisen har gjort ett fynd i form av en jacka som misstänks tillhöra en av gärningsmännen.
- Vi har även gjort flera vittnesförhör. Vi har fått ett bra signalement på männen, säger Anders Kellerth.
Vid klockan 20.20 på lördagskvällen kunde polisen utifrån vittnesuppgifterna hämta en 21-årig man till förhör som misstänkt för rånet.
- Han blev igenkänd av ett vittne. Men vi kunde inte förhöra den misstänkte eftersom han var så pass berusad så han är inlagd för tillnyktring, säger Anders Kellerth.
Strax efter midnatt, natten mot söndag, hämtades en 17-åring till förhör, misstänkt för rånet. Båda satt på söndagen anhållna.