Räddningstjänsten larmades till Onsike, väster om Vänge, klockan 23.48 sedan en granne sett hur lågor slagit ut från ena sidan på enplansvillan. När patrullerna anlände var branden fullt utvecklad och villan helt övertänd.
Rökdykare fick gå in och i villan hittades en man som omkommit.
- Det är en person som anträffats död. Anhöriga har underrättats, säger Lars Eskhult, länsvakthavande polisbefäl.
Flera styrkor försökte under natten mot söndagen att släcka branden och arbetade för att förhindra att den skulle sprida sig. Vid 01-tiden uppgav räddningstjänsten att branden var under kontroll.
- Men det är inte färdigsläckt utan det kommer att ta tid. Det är ofta som det flammar upp igen vid sådana kraftiga bränder, säger Lars Eskhult.
Vad som orsakat branden är i nuläget oklart. Platsen spärrades av efter släckningsarbetet och kriminaltekniker från Uppsalapolisen inledde på söndagsmorgonen arbetet med att försöka fastställa brandorsaken. Ingen ytterligare person ska ha kommit till skada.