Mannen åtalas för att ha haft samlag med flickan och förmått henne till olika sexuella handlingar som är jämförliga med samlag. Övergreppen ska enligt åtalet ha skett för flera år sedan i en bostad i Uppsala.
Händelserna polisanmäldes i början av året och mannen greps.
Han åtalas nu för tre fall av grov våldtäkt mot barn, men har i polisförhör nekat till brott.