Övergreppen ska ha inletts när flickan, som tillhör mannens familj, var i lågstadieåldern. De ska sedan ha pågått i omkring sju år. Enligt åtalet har gärningarna skett i bostäder i Uppsala kommun och på badplatser i länet. Mannen misstänks bland annat ha utsatt flickan för sexuella gärningar som är jämförliga med samlag.
Polisutredningen inleddes sedan flickan berättat om händelserna.
– Barnet började berätta för skolpersonal som agerade helt rätt och kontaktade sociala myndigheter och polis, säger kammaråklagare Moa Blomqvist.
Mannen åtalas för grov våldtäkt mot barn, grovt sexuellt övergrepp mot barn samt grovt barnpornografibrott. Enligt åklagaren har han erkänt "i viss utsträckning".