Olyckan inträffade i Nåntuna vid fyratiden på söndagsmorgonen och polis och ambulans larmades till platsen.
-Jag vet inte om de bara har ramlat eller kört in i något. Men två 16-åriga killar är förda till sjukhus för vård, säger Marcus Svensson, vakthavande befäl vid Uppsalapolisen.
Det är oklart hur allvarligt skadade pojkarna är. Enligt polisen var motorcykeln stulen.
-De är misstänkta för tillgrepp av fortskaffningsmedel, säger Marcus Svensson.