Enligt kommunägda Uppsala Vatten har mängden matavfall som kommer in till biogasanläggningen minskat de senaste åren.
Samtidigt har man upptäckt att en avfallsentreprenör kört komposten till förbränning i stället för till Uppsala kommuns biogasanläggning.
– Det här är beklagligt eftersom vi vet att Uppsalaborna tycker att det är viktigt att sortera ut matavfall säger Tommy Högström, vd på Uppsala Vatten, i en kommentar.
Uppsala Vatten väntar nu på att få svar från alla avfallsentreprenörer om hur hanteringen av matavfallet går till.
Det företag som kört matavfallet till förbränning i stället för till biogasanläggningen, ska ha vidtagit åtgärder.