Händelsen inträffade på Uppsala centralstation strax före midnatt på måndagskvällen. En patrullerande ordningsvakt såg den 31-årige mannen sitta framåtböjd och klottra med en vit penna på tågets golv.
En polispatrull kallades till platsen och höll förhör men den misstänkte 31-åringen.
- Han ville inte uttala sig om misstankarna men vi har upprättat en anmälan om skadegörelse, säger Mats Öjdahl, länsvakthavande polisbefäl.