Det var i december 2006 som Skatteverket beslutade att upptaxera företaget med 15 miljoner kronor. Skatteverket hade då granskat företaget och ansåg dels att de undervärderat sitt lager av begagnade skogsmaskiner, dels rörde det räntor på lån som företaget gett till andra bolag i koncernen.
Den största summan handlade om värderingen av de begagnade skogsmaskinerna. När företaget säljer sina egna maskiner erbjuder de köparna att byta in sina gamla, ofta till en summa som är högre än maskinen egentligen är värd på marknaden. Innan de säljs vidare repareras de och får på det viset ett högre värde än det marknadsmässiga värde de hade när de lämnades in.
Skatteverket hävdade att reparationerna är gjorde så att lagervärdet varit högre än det John Deere uppgett och det var på den grunden företaget upptaxerades. Förvaltningsrätten går däremot på John Deeres linje, att reparationerna är gjorda efter det aktuella bokslutsåret och därför inte påverkar lagervärdet, och undanröjer Skatteverkets upptaxering.
Också när det gäller räntorna som företaget tagit på sina lån får John Deere rätt i förvaltningsrätten och upptaxeringen hävs även i den delen.