Skolan ligger i Ramstalund, mellan Uppsala och Örsundsbro. Väktarna som upptäckte inbrottet larmade polisen.
Flertalet dörrar var uppbrutna inne i skolan, men ingen yttre åverkan på skolbyggnaden har kunnat noteras, uppger polisen.
– Flera rum inne i skolan är nu avspärrade för teknisk undersökning, sade Pernilla Wiström, befäl på polisens regionsledningscentral.
Det är ännu inte klart vad som är tillgripet. Det finns för närvarande inga misstänkta eller gripna.