Forskaren René Kaden visar upp denna lilla apparaten som ska kartlägga det nya coronavirusets arvsmassa i patientprover.
– Det är näst intill otroligt vad den här lilla apparaten kan åstadkomma, säger forskaren René Kaden vid Uppsala universitet och Akademiska sjukhuset, som har huvudansvaret för att sätta upp den nya analysmetoden vid sjukhusets mikrobiologiska laboratorium.
Flera olika metoder kan användas för att fastställa ordningsföljden på, sekvensera, de nära 30 000 ”RNA-byggstenarna” i det nya coronavirusets arvsmassa. De flesta kräver utrustning i (minst) kylskåpsstorlek och hela analysen brukat vara klar först efter flera dagar.
– Med den speciella nanoteknologi som den nya metoden bygger på är inte bara utrustningen mycket mindre. Också själva analystiden kan kortas ner, i bästa fall till bara ett par timmar. Dessutom ges provsvaret successivt i realtid och inte först när hela analysen är klar, säger René Kaden.
Som UNT tidigare berättat finns en snabbmetod för att upptäcka om patientprover innehåller de mer smittsamma brittiska, sydafrikanska och brasilianska varianterna av sars-cov-2-viruset.
– Det är förstås jätteviktigt att snabbt kunna spåra just dem, men helgenomsekvenseringar av viruset ger mycket mer information än så. Med dem kan vi till exempel i ett tidigt skede upptäcka om någon tidigare inte känd, muterad virusvariant börjar sprida sig och snabbt sätta in motåtgärder för att stoppa den, säger René Kaden.
Med en helsekvensering upptäcks alla mutationer i sars-cov-2, även sådana som inte förändrar virusets egenskaper.
– Men det kan ändå vara viktigt att känna till dem. Helgenomsekvenseringar kan till exempel visa om det är en eller flera virusvarianter som orsakar ett lokalt utbrott. Sådan information kan få stor betydelse för smittspårningsarbetet.
Under en tid har den nya nanometoden provkörts vid mikrobiologiska laboratoriet. Men ännu har den inte börjat användas för rutindiagnostik av patientprover.
– Det beror på att vi arbetat med att förenkla beredningen av patientproverna innan de analyseras. Provberedningen har tagit betydligt längre tid än själva sekvenseringen, men nu har vi förbättrat den och har en metod som kan tas i drift för diagnostik i större skala, säger René Kaden.
När sekvenseringsarbetet väl är igång kommer upp till 95 patientprover att kunna analyseras på en och samma gång i den lilla apparaten.
– Skulle behovet visa sig bli större än så borde det inte vara något stort ekonomiskt hinder att köpa in fler sekvenseringsapparater, de kostar inga jättebelopp, säger René Kaden.
Alla provsvar kommer att skickas till Folkhälsomyndigheten och till en internationell databas. Den senare innehåller i dagsläget fullständiga uppgifter om 700 000 sars-cov-2-virusarvsmassor.
Det är också meningen att kartläggningarna av sars-cov-2-virusets arvsmassa ska användas inom forskningen kring covid-19.
– Det finns redan planer på flera sådana forskningsprojekt med olika samarbetspartners. Själv hoppas jag till exempel på anslag till forskning kring om och hur olika varianter av det nya coronaviruset påverkar risken för att insjukna i långtids-covid.
Redan innan covid-19-pandemin startade fanns önskemål om att kunna göra så kallade helgenomsekvenseringar vid mikrobiologiska laboratoriet.
– Det här är en metod som vi kommer att ha stor nytta av även för att få viktiga kunskaper om helt andra smittämnen långt efter det att den nuvarande pandemin är över, säger René Kaden.