Enligt polisen befinner sig mamman just nu i Iran.
Uppsalapolisen larmades på söndagseftermiddagen om att en ensam pojke befann sig utanför resecentrum.
Oroliga förbipasserande som larmade polisen vittnade om att pojken var ledsen och inte talade svenska.
Med hjälp av en lapp som pojken hade i sin ena ficka kunde polisen på måndagen komma i kontakt med pojkens mamma. På lappen fanns nämligen två telefonnummer, ett tillhörande pojkens mamma, som i dag befinner sig i Iran. Med hjälp av en tolk kunde polisen så ta kontakt med henne över telefon.
Mamman berättade under samtalet att hon lämade ifrån sig sonen till personer hon inte vill uppge, som tog med honom till Sverige.
Torbjörn Karlsson, vakthavande befäl vid Uppsalapolisen, uppgav på måndagen att man i veckan kommer att försöka hålla en fortsatt kontakt med pojkens mamma.
Polisen har kopplat in migrationsverket på ärendet och även inlett en undersökning om grov människosmuggling.
- Vi kommer att fortsätta att samtala med pojken, men det viktigaste just nu är att han är väl omhändertagen, säger Christer Nordström, Uppsalapolisens pressinformatör på tisdagen.