Reparatörer kallades till platsen för att undersöka felet.
Sträckorna Södertälje - Märsta/Uppsala C och Nynäshamn-Bålsta påverkades av signalfelet, men enligt Trafikverket rullar trafiken återigen cirka 07.00 efter ett stopp i en halvtimme.
Förseningar efter tidigare signalfel
Ett stopp inträffade mellan Stockholm Södra och Älvsjö, vilket har orsakat förseningar för SL:s pendeltåg.
Så jobbar vi med nyheter