Enligt det så kallade transportöransvaret kan flygbolag tvingas betala en straffavgift om en utländsk medborgare tas ombord på planet och reser in i Sverige utan pass eller de tillstånd som behövs.
Avgiften ska täcka återresan för personer som vistats i riket på felaktiga grunder.
I det aktuella fallet hade dock Migrationsverket fattat beslut om avgiften innan Iran Air getts möjlighet att yttra sig.
Det kan inte uteslutas att flygbolaget har uppgifter som kan ha betydelse för hur ärendet ska bedömas, anser förvaltningsrätten i Uppsala.
Domstolen skriver att kommunikationsskyldigheten är så viktig för rättssäkerheten att flygbolaget först måste få lämna sina synpunkter innan ärendet kan avgöras.