Polisens tekniker ska försöka utreda hur branden uppstått.
Räddningstjänsten var på plats strax efter klockan 20 och gick in med rökdykare i lägenheten. I bostaden påträffades en man som togs ut till sjukvårdare.
Enligt en fotograf från Utryckning Uppsala som var på plats genomfördes hjärt- och lungräddning på mannen som fördes till sjukhus. Klockan 23 på torsdagskvällen meddelade polisen att mannen, som var i 30-årsåldern, hade avlidit. Anhöriga är underrättade.
En förundersökning om grov mordbrand har inletts. Men polisen kan inte säga om något tyder på att branden var anlagd.
– Det är oklart varför det började brinna, det är något som teknikerna ska undersöka. I nuläget är ingen frihetsberövad, säger Mikael Hedström, presstalesperson vid polisregion Mitt.