Samarbetet mellan Uppsala universitet samt Umeå Universitet är ett pilotprojekt vilket innebär att det görs på forskarnas egna initiativ och utan riktad finansiering. Med hjälp av en sex meter lång sedimentkärna från Ekolns botten skapas ett ”historiskt arkiv” där bottensediment som fastlagts under olika tidsperioder analyseras. Det hela påminner till en viss del om ett träds årsringar där avtryck av händelser i Uppsala och resten av Ekolns avrinningsområde finns bevarat i form av arvsmassa från bakterier och andra djur i varje lager.
– Med sedimentkärnan kan vi gå tillbaka 3 000 år i tiden. Fyrisån har under alla år transporterat material från staden ut i Ekoln, där det samlats på bottnen. Eftersom många händelser i Uppsalas historia är väl dokumenterade; som exempelvis när sjukhuset började släppa ut sitt avloppsvatten eller när olika sjukdomar härjade i staden, så kan vi koppla samman dessa regionala händelser med genetiska avtryck i sedimentarkiven. Tanken är att flera forskare ska kunna gå tillbaka och undersöka våra prover – det blir en öppen ”biobank” kan man säga, säger Stefan Bertilsson, limnolog vid Uppsala universitet.
Förutom Stefans forskargrupp så medverkar Jonathan Klaminder och Rolf Zale, som är experter på just sedimentbaserade miljöundersökningar vid Umeå universitet. Även Björn Olsen, professor vid institutionen för medicinska vetenskaper, klinisk mikrobiologi och infektionsmedicin är delaktig i projektet. Olsen hoppas, att tillsammans med sin forskargrupp, kunna undersöka uppkomsten av antibiotikaresistens och koppla detta till läkemedelsrester som fanns i miljön när dessa resistensmekanismer uppstod.
– Man kan ställa sig frågan om det fanns antibiotikaresistenta bakterier i området innan vi började använda antibiotika och vad som är orsaken till detta, säger Stefan Bertilsson
Mest intressant för limnologerna vid Uppsala universitet är dock att undersöka förekomst av algblomningar och andra intressanta vattenlevande bakterier i området. Hur dessa utvecklats över tid – samt möjligtvis också dessa algers förmåga att producera toxiner.
– Om vi förstår bakterien och dess utveckling så kan vi kanske lära oss att hantera och kontrollera dess utveckling i våra sjöar, något som kan ha en global relevans då algblomningar är ett problem världen över, säger Stefan Bertilsson.
Sedimentkärnan plockades upp förra sommaren och själva fältarbetet tog fem personer ett par dagar att slutföra. Det viktigaste och mest tidskrävande arbetet var att hålla själva kärnan ren från föroreningar. Därför penslades ett lager av DNA på dess utsida vartefter borrkärnan kapades upp i en mängd skivor med glödtråd. Om de sedan hittar den påpenslade DNA:s i kärnans mitt så vet de att de kan ha råkat få med förorenande bakterier i sedimentmaterialet, ”en väldigt rigorös process” beskriver Stefan Bertilsson det som.
– När vi var klara med fältarbetet skickades kärnan till Naturhistoriska riksmuseet som genomförde en röntgen för datera de olika skikten i sedimentkärnan ner till en upplösning på individuella år. Just nu pågår ett intensivt arbete här på universitetet och SciLifeLab (nationell infrastruktur i Molekylär Biovetenskap) där 20 miljoner DNA-sekvenser ska analyseras och tolkas, säger Stefan Bertilsson.