Ett växelfel mellan Södertälje och Flemingsberg inträffade på onsdagskvällen. Senare samma kväll inträffade ett signalfel vid Solna.
På torsdagsmorgonen varnar Trafikverket för att felen, som ännu inte är reparerade, kan orsaka förseningar i trafiken mellan Uppsala-Knivsta-Arlanda-Märsta-Stockholm.
Även trafik till och från Eskilstuna, Arboga och Örebro kan påverkas. Vid 06.30-tiden fanns ingen prognos för när felen kan vara åtgärdade.