Det berättar Sveriges Radio Uppland i ett inslag på torsdagsmorgonen.
Mannen som tvingades klä av sig är samma person som tidigare fått sparken för att ha slagit en värnpliktig. Han skulle avhysas från flygflottiljen. Enligt en anonym tipsare till P4 Uppland använde den polisanmälde chefen "mycket mer makt än man har rätt till och i kränkande syfte".
Kristoffer Olofsson, presstalesperson på F16, har inga kommentarer till händelsen.
– Det är ett polisiärt ärende nu och saken får ha sin gilla gång, säger han.