Frågan ska prövas av konkurrensverket. Swedavia väljer, enligt ett pressmeddelande, att skjuta upp planerna tills frågan har utretts.
Skulle bussavgifterna införas riskerar buss 583, som går från Märsta till Arlanda varje kvart, att slopas.
Swedavia vill använda intäkterna från bussavgifterna till bättre vägar kring Arlanda.