Personal på apoteket upptäckte att mannen var i färd med att stjäla tabletter av olika slag vid 15-tiden på onsdagen.
Butikskontrollanter tillkallades.
– Men då gjorde den berusade mannen motstånd och vi kopplades in, säger Tommy Karlsson, vakthavande befäl vid Uppsalapolisen.
Mannen ska förhöras när han har sovit ruset av sig. Händelsen rubriceras som stöld.