Våldtäkten ska enligt polisen ha ägt rum på kvällen den 9 juni i området kring Sten Sturemonumentet.
– Vi är naturligtvis förtegna när det gäller den här typen av brott av hänsyn till målsägande och den pågående utredningen, säger Christer Nordström, presstalesperson hos Uppsalapolisen.
Polisen fick inte kännedom om brottet förrän i tisdags och en man i 17-årsåldern hämtades senare in till förhör. På fredagen bekräftade polisen att mannen har anhållits.
– De här två personerna känner varandra på något sätt, säger Christer Nordström.
Den utsatta kvinnan är i 20-årsåldern. Polisen har genomfört en teknisk undersökning av den misstänkta brottsplatsen.