"Felet uppstod i samband med ett tekniskt underhållsarbete hos E‑hälsomyndighetens driftsleverantör Försäkringskassan. Vi arbetar tillsammans med dem för att lösa problemet så snabbt som möjligt", skriver myndigheten.
Problemet pågick från 00:42 natten mot söndag.
"Vi beklagar det inträffade och den eventuella olägenhet som det kan leda till för resenärer", skriver E-hälsomyndigheten.
Vid strax efter klockan 10 meddelade myndigheten att tjänsten fungerar igen.