Varningen gäller i Uppsala län, främst västra delen, från lördag eftermiddag till lördag kväll.
Det kan komma kraftigt regn på 30 till 50 millimeter. Intensiteten och var nederbörden kommer att ske är osäkert, enligt SMHI.
Klass 1-varningen utfärdas om det finns risk för regnmängder på minst 35 millimeter inom 12 timmar och det kan bildas stora vattensamlingar, dagvattenledningar kan bli överfyllda och källare kan översvämmas.