Historien om Flygflottiljen F 16 börjar mitt under brinnande världskrig, 1939. För att kunna fortsätta hävda neutralitet i en tid då påtryckningar från omvärldens länder blev allt större, beslutade Sveriges regering att stärka upp försvaret genom att bland annat grunda fem nya flygflottiljer, en av dem i Uppsala.
Flygflottiljen vid Ärna fick namnet F 16, helt enkelt eftersom att det var den 16:e flygflottiljen i ordningen. Våren 1944 invigdes F 16. UNT var på plats, och skrev bland annat, angående omfattningen av byggnationerna:
"Egentligen skulle man sitta i en flygmaskin för att få en överblick av flygstaden vid Ärna."
F 16 grundades under propellerflygplanens tidsålder. Först ut att prova vingarna på det nyetablerade flygfältet var det svensktillverkade enmansplanet J 22. Därefter köpte man in det amerikanska flygplanet J 26 Mustang vid andra världskrigets slut 1945.
Under 50-talet gjorde jetflygplanen debut, och på Ärna byttes Mustangen småningom ut mot SAAB-modellen J 29, även känd som "Flygande Tunnan". På 60-talet kom det första överljudsflygplanet, J 35 Draken, vilket i sin tur ersattes av JA 37 Viggen under 80-talet.
Nästa omfattande förändring för F 16 skedde 2001 då regeringen fattade beslut om att avveckla Flygflottiljen. 2003 genomfördes nedläggningen. Men det skedde inte utan en del protester. Dåvarande folkpartistiska kommunalrådet Jan Ove Jerrestål var kritisk, och kallade den politiska processen kring nedläggningen för:
– En cirkus, från början till slut.
Jerrestål fick medhåll av många andra Uppsalapolitiker, som bland annat argumenterade för behovet av en flygflottilj nära Stockholm. Dåvarande pressansvarig för F 16, Christer Ulriksson, skrädde inte heller orden.
– Vilken inkompetens, detta är sanslöst. Jag är orolig för hela flygvapnets framtid, sa han då.
Efter nedläggningen av flygflottiljen har flygfälten vid Ärna fortsatt använts som militärflygfält av Luftstridsskolan. Men efter regeringens satsning på ett utökat försvar under 2020 ska det alltså återigen utbildas stridspiloter och huseras en flygflottilj på Ärnas flygfält.
I dag hålls en flyguppvisning över Uppsala med ett antal flygplansmodeller från F 16:s historia, däribland Flygande Tunnan, Draken och Viggen, utöver modellen som används av flygvapnet i dag, JAS 39 Gripen.