Kommunen vill att bara det första dygnet ska vara gratis, därefter ska det kosta 40 kronor per dygn i maximalt åtta dygn.
Enligt Trafikverket strider det mot förordningen om stöd för att främja hållbara stadsmiljöer, de så kallade stadsmiljöpengarna. Uppsala kommun har fått drygt 12 miljoner i stadsmiljöpengar för att bygga garaget.
Enligt Elin Sandberg, ansvarig för stadsmiljöavtal på Trafikverket, får stöd inte ges till anläggningar med uthyrning av lokaler.
– Att ta betalt för att hyra ut en cykelplats kan likställas med att hyra ut lokalen och vi måste följa de regler som finns i förordningen. Parkeringsgaraget ska vara gratis och öppet för alla, säger hon.
Att dela ut stadsmiljöpengar till en verksamhet som kan komma att konkurrera med liknande privat verksamhet strider dessutom mot konkurrenslagstiftningen inom EU:s inre marknad.
Innebär det att ni kan komma att kräva tillbaka pengarna av Uppsala kommun?
– Det kan jag inte uttala mig om. Vi för diskussioner med Uppsala kommun om avgifterna nu, säger Elin Sandberg.
Kommunens chefsjurist, Lena Grapp, bekräftar att samtal pågår. I mejl skriver hon att det saknas grund för trafikverkets tolkning av förordningen.
"Det Uppsala kommun har gjort är att besluta om en avgift för cykelparkerare som vill stå längre än ett dygn. Det är inte uthyrning av lokaler", skriver hon.
Rickard Malmström (MP), ordförande i gatu- och samhällsmiljönämnden, tycks inte särskilt orolig över Trafikverkets propåer.
– Jag tror inte det är något att haka upp sig på. Så här är det alltid när flera aktörer är med och betalar, säger han.