Polisen fick in larmet vid klockan 17.31 på onsdagen.
– Det är en pojke som är på kaféet och blir tilltalad av en person. Själva rånet inleds inne på kaféet och sen går fortsätter det utanför där två gärningsmän till ansluter, säger Jonas Eronen vid Uppsalapolisen.
De tre personerna ska där ha tvingat till sig 12-åringens jacka.
– Jag har inte detaljer kring hur hotet gick till, men det är så pass hotfullt att man tvingar ifrån honom jackan, säger Jonas Eronen.
En anmälan om grovt rån upprättades och polisen försöker nu identifiera de misstänkta.
– Vi söker intenstivt efter de här gärningsmännen. Det är ett allvarligt brott med en ung målsägande och vi är väldigt angelägna om att få en snabb uppklaring.