Förseningarna uppstod på grund av ett spårfel, meddelade Trafikverket vid 6.20-tiden på tisdagsmorgonen.
När reparatörer kallats till platsen där spårfelet uppstått kunde de konstatera att det snabbt skulle vara åtgärdat.
– Det är en växel man lagar och det ska gå snabbt. I nuläget är det inga förseningar, kanske någon enstaka, säger Josefin Gröndahl, pressinformatör på Trafikverket när klockan är 6.45.
Förseningarna berörde Stockholm Odenplan-Sundbyberg/Solna och innefattar stationerna på Arlanda och i Knivsta samt Uppsala.