Anledningen till totalstoppet var ett elfel på Stockholms centralstation. Enligt Trafikverket uppstod det strax innan klockan 4 på onsdagsmorgonen.
– Det var ett elskåp som stod och brann ute på spårområdet. Vi släckte branden och lämnade strax efter klockan fem, säger Magnus Bengtsson, ledningsbefäl vid räddningstjänsten, till Aftonbladet.
Även Arlanda Express hade problem under morgonen.
I Uppsala blev flera tåg inställda eller kraftigt försenade på grund av elfelet. Samtliga tåg som skulle gått till centralstationen i Stockholm var inställda eller försenade.
Däremot rullade pendeltågstrafiken som vanligt, då de stannar vid Stockholm City som inte påverkades av elfelet.
Strax efter klockan 8 började fjärrtågen att rulla igen på Stockholms centralstation, enligt TT.
– Det går inte att använda alla spår men de flesta. Men det kommer fortsatt att vara en del förseningar och inställda avgångar ett par timmar framåt, för man behöver frigöra utrymme, säger Felicia Danielsson, presskommunikatör hos Trafikverket, till TT.
Realtidsuppdateringar med aktuell trafikinformation för Uppsala central hittas här.