Trots att pendeln inväntar innebär de korta bytestiderna att många passagerare upplever stress och att de måste springa mellan perrongerna för att hinna byta tåg.
Enligt den tidtabell för Upptåget som gäller från och med 9 december 2012 är tiden mellan Upptågets ankomst till och SL-pendelns avgång från Uppsala genomgående fem minuter. Det enda generella undantaget är en nattavgång på lördagar, söndagar och helgdagar, med endast två minuters bytestid i Uppsala. Kring särskilda helger, som under den gångna julen, kan fler avvikelser förekomma.
Eftersom det är en ny trafiklösning menar UL:s informationschef Sture Jonsson att det är svårt att jämföra bakåt.
– Enda jämförelsen man kan göra är att det tidigare var tre minuters bytesmarginal i Upplands Väsby, så där var det ännu kortare även om det också är kortare väg att gå, säger han.
– Vi har också sett att en del tåg är sena in till Uppsala och då minskar förstås bytesmarginalen. SL-pendeln har begränsade möjligheter att vänta extra, för då kommer man ur sitt tidsfönster på järnvägen och då börjar det hända saker med annan tågtrafik.
Sture Jonsson säger att UL tillsammans med Upptågets entreprenör DSB Uppland följer trafiken noga för att hitta orsaker till förseningarna och särskilt om det är återkommande anledningar som går att göra något åt.
– Det är delvis ett nytt system vi gick in i, med tätare trafik mot Tierp och trafik mot Sala, så det behövs en del intrimning och justering av problem som man inte kunnat förutse förrän man kört i gång, säger han.
Just nu väntar UL på den första hela månadsstatistiken för den nya pendelförbindelsen för att få jämförelsetal.
– Det allmänna intrycket är att resandet har ökat, men vi vill kunna belägga det med siffror, säger Sture Jonsson.
Ökningen kan dels bero på att UL-SL-pendeln tagit resenärer från SJ.
– Eller så har vi tagit bilister som valt att åka kollektivt i stället.
Inför starten av den nya pendeltågstrafiken framhölls flera fördelar. Framför allt som ett nytt alternativ för tågresor utan byte från Uppsala ända till Stockholm, vid sidan om SJ:s regionaltåg som tidigare varit enda direktförbindelse.
Den nya pendeln går dessutom ännu längre, närmare bestämt till Älvsjö och under högtrafiktid ända till Tumba. Och slutligen att det blev ny trafik med Upptåget mellan Uppsala och Sala, med de fordon som inte längre används på sträckan Uppsala-Upplands Väsby.