Mannen greps strax före klockan två under natten till söndagen efter att den 17-åriga flickan hade ringt polisen på lördagskvällen och berättat om våldtäkten. .
Våldtäkten ska ha ägt rum på lördagsmorgonen.
Den misstänkte anhölls kort efter gripandet – men släpptes vid lunchtid på söndagen efter att både han och flickan genomgått polisförhör.
– Men det betyder inte att han inte är misstänkt. Ärendet går vidare, säger Peter Jonsson, LKC-befäl vid Uppsalapolisen.
Enligt Arbetarbladet kände flickan till den misstänkte sedan tidigare.