Förslaget innebär att de flyg som har större klimatpåverkan ska få högre start- och landningsavgifter, än nya flygplan som släpper ut mindre koldioxid.
Om lagändringen röstas igenom blir Sverige 1 juli det första landet i EU att införa krav på miljöstyrande start- och landningsavgifter.
Bakgrunden till förslaget är att försöka minska koldioxidutsläppen och nå målen i Parisavtalet.
Flygbranschen har inget emot avgifterna i sig, men anser att tajmingen är fel om det blir en avgiftshöjning nu när branschen går på knäna.
– Om man lägger det här en bit framåt i tiden och kommer fram till en bra avvägning av avgifterna så är det en av flera bitar som behövs för att ställa om flyget, säger Fredrik Kämpfe, branschchef på Transportföretagen flyg.
Redan 2018 la flygbranschen fram ett snarlikt avgiftsförslag i sin "Färdplan för fossilfrihet" som överlämnades till regeringen. Där var det en av många punkter för att göra flyget mer klimatneutralt.
– Jag vet inte vem som var först med idén, men vi hade med förslaget innan regeringen kom med sin proposition.
Det branschen nu är orolig över är att avgifterna totalt sett höjs. De anser att inga höjningar av start- och landningsavgifterna behövs, men håller med om att de som släpper ut mindre ska premieras.
– Men det viktigaste nu är att regeringen ser till helheten. Det är många avgifter för flyget som ökar på grund av pandemin. Ett flyg i kris klarar inte hur mycket som helst. Alla höjda avgifter leder sammanlagt till högre biljettpriser som i sin tur försämrar återhämtningen, säger Fredrik Kämpfe.
Exempelvis kommer avgifterna för flygplatser och annan infrastruktur att höjas på grund av att det är färre kvar som kan dela på kostnaderna. Klimatavgifter, plikt att blanda in biobränsle i flygfotogen och ökade kostnader för utsläppsrätter är annat som flygbolagen betalar.
– Vi är inte negativt inställda till åtgärder som innebär klimatnytta, tvärtom, men man kan inte bara lägga på fler avgifter. Nu vill vi också se att regeringen stöttar satsningar på hållbart flyg.
Exempelvis vill han att pengar ska läggas på att få igång svensk biobränsleproduktion och på den utveckling av elflyg som finns i Sverige.
– Vi ställer upp på incitamenten från regeringen, men vi räknar också med att de ska stötta omställningen, liksom de stöttar de andra trafikslagens omställning i Sverige.