Enligt åtalet ska våldtäkten ha begåtts under hot om våld. Sedan ska han ha genomfört samlag mot hennes vilja.
Händelsen ägde rum förra året på en skola i Östhammars kommun.
Efter våldtäkten kontaktade flickan en anhörig som hämtade upp henne vid skolan. Flickan var då mycket upprörd och ledsen, enligt den anhörige, som polisanmälde våldtäkten direkt.
Vid polisens tekniska undersökning som genomfördes senare samma dag markerade en sökhund för sperma på skoltoaletten.
Om tingsrätten gör bedömningen att pojken, som förnekar brott, ska få fängelse riskerar han påföljden sluten ungdomsvård. Detta med anledning av sin unga ålder.