Årskurs två, fem och åtta har alla fått sänkt betyg jämfört med förra året.
Tydligast är försämringen i årskurs åtta. Den skola som utmärker sig mest är Vallonskolan i Gimo.
Enligt kommunens elevenkäter för 2012 anger 43 procent av Vallonskolans åttondeklassare att de inte trivs.
I den sammanfattande undersökningen av samma skola säger 73 procent att de är missnöjda med skolan i stort.
– Det är inga hyfsade resultat. Vi tittar på resultaten och i juni ska vi lämna nya förslag till arbetslagen, säger rektor på Vallonskolan, Christer Fernqvist.
Konflikter mellan lärare och elever har vuxit och i Österbyskolan har hela 34 procent angett att de utsatts för kränkning av lärare.
– Frågan är vad som klassas som en kränkning?
– Vi har pratat med åttorna om det här och vissa känner sig kränkta om en lärare tar deras mobiltelefon, säger rektor vid Österbyskolan, Erik Bjurhäll.
Varför tror du siffran utmärker sig jämfört med andra skolor?
– Svårt att säga, men det här är en varningsklocka för oss.
– Vi kommer prata mer om det här med både elever och lärare för att komma till roten med problemet, säger Erik Bjurhäll.
Efter en bottenrankning i undersökningen Sveriges bästa skolkommun förra året har kommunen satt in nya insatser i skolan. Ett resursteam, ett projekt för ämnesutveckling samt en genomförd kompetenskartläggning av personalen var tänkt att stoppa den nedåtgående spiralen.
Trots det är många av bristerna bestående, det sa Skolinspektionen efter ett besök på kommunens skolor tidigare under året.
Under besöket fann man brister i skolornas förmåga att stoppa kränkande behandling och man ansåg att ett flertal skolor måste få en bättre kontakt med föräldrarna.
– Det är en stor oro över att det inte händer något, vi har satsat medel på detta och vill se resultat, säger Hans Oscarsson, skolchef i Östhammar.
Kommunen har under våren tillsatt en ny tjänst i kommunen som jobbar med specialpedagogik samt satt in en psykolog och ytterligare en specialpedagog. Man har också tagit fram nya rutiner för hur skolornas rektorer ska bemöta kränkande behandling av elever.
– Det är oacceptabelt att elever kränks i skolan. Utökningen av elevhälsan är ett sätt att komma till rätta med problemet, men det finns fortfarande mycket arbete kvar, säger Hans Oscarsson.
Resultaten ska nu analyseras av barn- och utbildningsnämnden och ett mer utförligt åtgärdsprogram sammanställs till hösten.