Strax innan klockan två under natten till tisdag fick polisen samtal från en person som hade evarsgripit en klottrare vid Ängbyskolan.
Ytterligare två ynglingar ska ha sprungit från skolan, uppger polisen.
De tre ynglingarna ska ha klottrat på flera platser på skolan. Polisen uppger att sprejburkarna som använts ska ha stulits från ett lägenhetsförråd i närheten.
När polisen befann sig vid skolan kom en av de flyende ynglingarna tillbaka till skolan.
De båda pojkarna, som är mellan 14 och 16 år, misstänks för stöld och skadegörelse. De båda skjutsades hem till sina föräldrar.