Huset ska ha varit totalförstört invändigt efter en tidigare brand på förmiddagen.
När villan nu fattade eld igen ryckte brandstyrkor från Uppsala och Stockholm ut. När de kom fram brann det med öppna lågor från taket.
Vid 04.39 hade taket rasat och elden släckts. En räddningsenhet stannade dock kvar på platsen för bevakning i ytterligare tre timmar.
Ingen person har kommit till skada.