Ica bygger en ny Kvantumbutik på platsen.
Inbrottstjuvarna ska enligt uppgift först ha brutit sig in i en container där en gassvets förvarades.
Med hjälp av svetsen ska ytterligare fem containrar, där bland annat underentreprenörer förvarade sina verktyg, ha länsats.
Uppsalapolisen har för närvarande inga spår av gärningsmännen.