Översvämningen har nu torkat upp tillräckligt och tågen ska gå som vanligt mellan Knivsta och Uppsala. Men under en hel vecka var maxhastigheten på rälsen sänkt till 40 kilometer i timmen och alla tåg försenade.
Orsaken till hastighetssänkningen var risk för att banvallen skulle bli så blöt att den rasade under rälsen.
– På grund av att vattnet trycker på mer från ett håll så blir inte trycket jämnt fördelat och därför finns det just nu risk för att banvallen blir underminerad, säger Jessica Johansson, projektledare på Trafikverkets underhållsavdelning.
Vattnet försökte de pumpa och leda bort från banvallen, men det gick inte att göra så mycket mer åt problemet än att vänta tills det hade torkat upp. Det är stor risk att tågtrafiken kommer drabbas igen nästa gång det blir mycket regn, eftersom marken redan är så blöt här.
Men att marken i höjd med Trunsta träsk är blöt, är inget nytt. Däremot har översvämningarna här blivit fler de senaste 20 åren, enligt närboende.
På den västra sidan om järnvägen hade exempelvis Alsike IF på 1990-talet sin fotbollsplan. Klubben fick låna marken av en jordbrukare som inte längre kunde köra ut sin traktor på den blöta åkern.
– I dag är fotbollsplanen överväxt med sjöväxter som vass och har inte använts på många år, säger klubbens ordförande Fredrik Falk.
Hans Petersson, numera seniortränare, var en av dem som spelade bredvid järnvägen.
– Det brukade dröja ganska långt in på vårsäsongen innan vi kunde spela på planen eftersom den var så vattensjuk efter snösmältningen. Men att det är översvämningar här även på hösten det är nytt, säger han.
Redan när rälsen byggdes ska det ha lagts grangrenar i banvallen för att göra den starkare förbi våtmarken. Metoden var vanlig förr och så länge grenarna inte kommer i kontakt med syre stoppas förmultningsprocessen. Grenarna i banvallen kan vara förklaringen till att en del lokförare tycker att det brukar gunga under tåget då de kör förbi Trunsta träsk.
Trafikverket behandlar översvämningen i Knivsta som en del av klimatförändringarna.
Hur gör man för att säkra ett tågspår mot översvämningar. Måste rälsen flyttas?
– Att flytta en sträcka kräver allmänt sett en stor insats i både ekonomi och planering, vi ser inte detta i dagsläget, svarar Malin Lind som arbetar med klimatanpassning på Trafikverket.
Hon säger att de successivt kommer att anpassa sina anläggningar där de har identifierat en risk för ras, skred, erosion eller översvämning. Det kan exempelvis handla om avvattningsåtgärder, större trummor där vatten kan rinna igenom under järnvägen eller en upphöjning av banvallen.
Men vad görs i dagsläget?
– Vi har pumpat bort vatten från platsen och avlett vatten till provisoriska dammar, svarar Jessica Johansson.
Först när fyrspåret är klart, om cirka elva år, förväntas den nya järnvägen vara permanent rustad mot översvämningar.
– Ja, problemen kommer att lösas permanent efter att fyrspårsutbyggnaden är klar. Det ligger i dagsläget redan en utredning om detta.
På östra sidan om järnvägen är det Knivsta kommun som äger Trunsta träsk och Gredelby hagar. Området är ett naturreservat, vilket innebär att marken inte får dikas ur eller liknande. Men i det här fallet kan det bli frågan om att söka dispens, uppger Knivsta kommun.
Och för stunden är problemet över.
– Vi fick just besked om att tågen får köra i vanlig hastighet igen, säger under fredagen Natalie Nordenswan på SL.