Den första enskilda anstalten för detta ändamål hette Vilhelmsro och fanns i Jönköpings län. Den visade sig snart otillräcklig varför prins Carl tillsammans med 23 kollegor, i december 1890, skickade ut ett upprop för att samla in pengar till en ny anläggning.
Två år senare hyrde den nystartade föreningen ett par byggnader på egendomen Mariehäll utanför Sundbyberg. Invigningen skedde samma år i närvaro av drottning Sofia. Prins Carl, som var ordförande i styrelsen, medgav 1901 att föreningen fick anta namnet Margarethahemmet efter hans äldsta dotter prinsessan Margaretha.
Tio år efter invigningen flyttades verksamheten till den i Bromma socken belägna egendomen Åkeshov. Patientantalet kunde då åka från 30 till 34, vilket fortfarande var otillräckligt i förhållande till behovet. Föreningen hade vid denna tidpunkt erhållit flera stora donationer, varför den beslutade att bygga en egen anstalt i närheten av Stockholm eftersom mer än hälften av patienterna kom från huvudstaden.
Styrelsen besökte åtskilliga platser innan valet föll på Knivsta. 1913 inköptes 25 tunnland vid sjön Valloxen av Knivsta säteri. I mars året efter påbörjades markarbetena och den 28 maj var prinsessorna Margaretha, Märtha och Astrid med och lade den första grundstenen på huvudbyggnaden. Första världskriget bröt ut, men arbetet fortgick, och den 9 december 1915 invigdes Margarethahemmet.
På vårdhemmet fanns det plats för 40-50 patienter och på skolhemmet ungefär lika många. Dessutom fanns ett arbetshem för 15-17 äldre flickor i villa Ovansjö, gula villan vid Emil Sjögren väg. Totalkostnaden för bygget och inventerarierna blev drygt 400 000 kronor.
Margarethahemmets verksamhet bedrevs fram till 1969. Då startades i stället en stiftelse med uppgift att stödja familjer som har epileptiska barn i hemmet, samt forskning kring epilepsins orsaker, diagnostik och behandlingsmetoder.
Lokalerna överläts till Uppsala läns landsting, som under det nya namnet Valloxens sjukhem bedrev vård för psykiskt sjuka. Idag ägs fastigheten av Walloxen AB och byggnaderna innehåller ett företagarcentrum samt Margarethaskolan.