Larmet inkom klockan 05.53. När räddningstjänst kom till platsen ska det ha brunnit i större delen av byggnaden och man koncentrerade sig på att branden inte skulle sprida sig till andra byggnader.
Industribyggnaden ligger i AR-området i Knivsta, där flera näringsverksamheter har butiks- eller lagerverksamhet.
Även polisen var på plats vid branden.
– Vi rubricerar det som mordbrand, men det är oklart vad som orsakat branden mer precist, säger Fabian Hamnqvist, presstalesperson vid Uppsalapolisen.
Branden var koncentrerad till det bageri som finns i byggnaden. Räddningstjänst fick med hjälp av kranbil lyfta bort delar av taket för att komma åt mindre glödbränder i väggar och innertak.
Först vid 16.30-tiden på söndagen kunde räddningstjänst lämna platsen. Ärendet överlämnades då till polis.
Ingen person ska ha kommit till skada i branden.