Tre räddningsstyrkor skickades till platsen, enligt uppgift ett boende för ensamkommande flyktingbarn, klockan 03.00.
-Två personer misslyckades med matlagningen så att det började brinna i köket och köksfläkten, säger Tommy Karlsson, länsvakthavande befäl vid Uppsalapolisen.
Strax efter 03.30 var elden släckt. Branden begränsades till köket men enligt räddningstjänsten ledde den till en kraftig rökutveckling i hela huset.
Den skadade pojken är förd till Akademiska sjukhuset, enligt polisen med lättare brännskador på armar och ben.
Polisen har upprättat en anmälan om allmänfarlig vårdslöshet.