Orsaken är en film där han talar i positiva ordalag om jihad, rapporterar Aftonbladet.
Skolinspektionen har kommit fram till att skolledaren i filmen syftat på att uppfostra barn till religiöst motiverad, väpnad kamp. Därmed anses han inte lämplig som skolledare.
På filmen hörs han kalla jihad för "islams höjdpunkt" och säga att jihad borde läras ut i skolorna.
En företrädare för skolans ägarstiftelse har sagt till tidningen att uttalandet missförståtts.
Jihad kan betyda väpnad kamp, men används även som ett begrepp för fredlig andlig strävan inom islam.