Hon uppger i en skriftlig kommentar att det fortfarande är för tidigt att dra bestämda slutsatser om vad detta kommer att betyda på sikt – både för Syrien och för regionen.
"Det blir nu viktigt med en ordnad makttransition i Syrien", säger Malmer Stenergard.
"Skydd av den civila befolkningen, civil infrastruktur och obehindrat humanitärt tillträde i enlighet med den internationella humanitära rätten måste tillgodoses."
Malmer Stenergard uppmanar också de svenskar som eventuellt befinner sig i Syrien, trots att UD avrått från att resa dit sedan 2011, att lämna landet.
"Säkerhetsläget i Syrien är allvarligt och ändras snabbt, vilket kan innebära att flygplatser stängs och flyg ställs in. UD uppmanar svenskar i Syrien att lämna landet med de färdmedel och resvägar som står till buds, om det kan ske utan risk för den personliga säkerheten", säger hon i det skriftligt uttalandet.
Hon tillägger att UD har mycket begränsade möjligheter att hjälpa svenskar ut ur Syrien.