Enligt polisen var flera unga personer inblandade, men bara flickan fördes till sjukhus med ambulans.
– Vi håller på att utreda vad som har hänt, säger polisens presstalesperson Evelina Olsson.
Flickan fördes till sjukhus i Linköping efter olyckan, som inträffade på onsdagseftermiddagen.
Senare under dagen meddelade Region Östergötland att flickan, som är i 16-årsåldern, har livshotande skador. Tillståndet är kritiskt och hon har opererats akut.
Polisen har tagit båten och vattenskotern i beslag. En anmälan om vårdslöshet i båttrafik har upprättats.
Evelina Olsson vill inte kommentera om det finns någon misstänkt.