"Jag har bedömt att det i nuläget finns synnerliga skäl för häktning trots den misstänktes unga ålder", säger åklagare Kajsa Lindberg i ett pressmeddelande.
Den misstänkte förnekar brott. Häktningsförhandling hålls på lördagen.
Tonåringen är elev på skolan där han misstänks ha skottskadat en annan elev i 15-årsåldern. Skolans rektor Kaj Majuri har tidigare uppgett att pojken har opererats och inte kommer att få några bestående men av händelsen.
Skottlossningen inträffade i ett avgränsat utrymme där inga andra än de inblandade var närvarande. Enligt uppgifter till Aftonbladet ägde skjutningen rum på en skoltoalett.