I ett uttalande på ambassadens hemsida kallas uppgifterna för "fake news" och "falska och påhittade". Vidare heter det att uppgifterna sprids medvetet från Israel för att skifta fokus från "folkmordet i Gaza".
Under torsdagen rapporterade flera medier, bland annat DN och Jerusalem Post, om uppgifter från Mossad att Iran anlitat de kriminella nätverken Foxtrot och Rumba från Sverige för att angripa israeliska mål i Stockholm.
Senare under dagen bekräftade Säpo att Iran utnyttjar kriminella nätverk för att utföra våldshandlingar mot andra stater, grupper eller personer i Sverige, dock utan att uttala sig om specifika nätverk eller individer.
Under fredagen sade utrikesminister Tobias Billström (M) att han skulle ta upp frågan med både EU och Nato.