Beskedet kommer dagen innan LO:s kongress inleds. En ny ordförande ska utses på lördag, enligt dagordningen.
"Jag har efter samtal och ytterligare betänketid beslutat att jag inte längre står till valberedningens förfogande. Det är av privata skäl", säger Pim van Dorpel i ett pressmeddelande från LO.
Mer detaljer än så kommer man inte att ge, enligt pressmeddelandet.
"Vi från valberedningen beklagar beskedet, samtidigt som vi respekterar det. Vi arbetar nu vidare med att ha ett nytt färdigt förslag", säger Tomas With, valberedningens ordförande.
Pim van Dorpel är i dagsläget vice ordförande för Hotell- och restaurangfacket (HRF). Han föreslogs bli ny ordförande, efter den avgående Susanna Gideonsson, av en enig valberedning den 6 maj.
LO:s kongress pågår 17–20 maj.