Det är oklart hur, och om, det biologiska bekämpningsmedlet bti påverkar ekosystemet.
Men eftersom risken finns anser HaV att man bör kolla efter alternativa bekämpningsmetoder.
– Bekämpningen med bti måste upprepas varje år. Man behandlar symptomen i stället för själva problemet. Eftersom det kan ta lång tid innan effekterna visar sig på ekosystemet tycker vi att man bör kolla på mer långsiktiga lösningar, säger Fredrik Nordwall, enhetschef på HaV.
Ett alternativ är att göra naturen mindre attraktiv för myggen.
– Bland annat genom att hålla markerna öppna och att reglera vattennivåer under våren, säger han.
Bekämpningsledaren Martina Schäfer är medveten om HaVs kritik.
– Jag ställer mig frågande till varför, eftersom medlet har använts sedan 1978. Det tar ofta stopp i vår diskussion med myndigheter här eftersom det är så svårt att bevisa att det inte har några negativa effekter. Det har inte haft det hittills, säger hon.
Intresseföreningen Nedre Dalälven är inne på samma spår som HaV och arbetar tillsammans med Länsstyrelsen i Uppsala och Gävleborg på en ansökan om ett EU-projekt, vars syfte är att restaurera älvängar och gynna biologisk mångfald.
Men eftersom man då samtidigt får till rörelse i vattendrag kan också myggen minska.
– Men det ska inte ses som en ersättning av bti. Skulle myggen minska är det bara en positiv sidoeffekt, säger projektledaren Erica Holmqvist Persson.