På kommunens hemsida samt Heby arenas Facebooksida uppges att mellanbassängen och plaskbassängen håller stängt under torsdagen efter händelsen.
"Säkerhet och vattenkvalitet går alltid först och vi hoppas på förståelse för detta", skriver man vidare.
I Heby arena finns även en 25-metersbassäng, som inte ska ha påverkats av det sanitära missödet.
På fredag beräknas båda bassängerna vara öppna igen.