Händelsen inträffade på tisdagskvällen mellan 18.45 och 19.00 i ett villaområde i Skokloster.
– Barnen som var ensamma hemma blev rädda och låste in sig på toaletten. När vi kom till platsen och föräldrarna kommit hem var mannen borta, säger Jonas Rickeborn vid polisen i Enköping-Håbo.
Mannen ska enligt polisanmälan vara omkring 170 centimeter lång, mört klädd och vara i 25-30-årsåldern.